저자가 될 자격이 있는 사람을 결정하는 것에 관해서는 분명한 가이드라인이 있지만, 저자의 순서를 결정하는 문제는 다소 애매한 영역에 속합니다. 저자권(authorship)의 순서는 학문 분야에 따라 달라질 수 있습니다. 어떤 분야에서는 저자들의 이름이 알파벳 순서로 나열되어 누가 1저자인가는 실질적으로 아무런 중요성이 없습니다. 저자 순서는 자신이 속해있는 연구 그룹이나 기관에 따라서도 달라질 수 있습니다. 이상적으로는 맞지 않지만, 일부 기관에서는 연구 책임자/지도교수나 PI가 1저자가 되는 것이 관례입니다.
이상적으로 볼 때 1저자는 연구를 설계하고, 실험으로부터 데이터를 얻어 분석하고, 원고를 작성하는 측면에서 해당 연구에 최대의 지적 공헌을 한 사람이 되어야 합니다. 저자 순서는 원고에 대한 상대적 전체 기여도에 따라 결정되어야 합니다. 일반적인 관행에 따르면 연구 책임자/지도교수나 선임 저자가 마지막 저자가 됩니다. 물론 이 저자도 다른 모든 저자와 마찬가지로 저자권을 얻는 모든 기준을 충족해야 합니다. 연구 책임자/지도교수나 선임 저자는 많은 경우 교신 저자(corresponding author), 즉 저널로부터 모든 공지를 받는 사람이 되기도 합니다. 보통 그룹 리더나 선임 연구자가 교신 저자가 되는 이유는 이들의 연락처가 가까운 미래에 바뀔 가능성이 없기 때문입니다. 연구의 주요 공헌자가 그룹 리더이기도 한 경우에는 해당 저자가 논문의 1저자이면서 동시에 교신 저자가 될 수 있습니다.
질문자님의 경우 제 생각에는 교수님이 교신 저자가 될 수 있을 것 같고 질문자님은 첫 번째 저자권을 갖는 것이 좀 더 합당해 보입니다.