만약 선생님께서 통계 분석과 관련된 소프트웨어를 쓰고 계신다면, 문제가 되지 않을꺼라 생각됩니다. 하지만 혹시 모를 문제 상황에 대비하여 보다 안전하게 해두는 것이 좋으니, 우선은 투고를 원하는 목표 저널 가이드라인을 자세히 살펴보시고, 관련 소프트웨어에 대한 구체적인 명시사항 여부 확인을 권장드립니다. 이와 더불어, 원고 투고 이전에 미리 해당 저널 에디터에게 우려되는 사항에 대해 이메일을 보내 확인하시길 제안드립니다.
뿐만 아니라, 기존에 PLOS ONE에 출간된 어느 논문이 해당 소프트웨어를 썼다는 한 가지 사실에 너무 전적으로 의존하지 않으시는 것이 좋을 것으로 사료됩니다. 선생님의 상사가 왜 해당 소프트웨어를 쓰는 것 자체를 부정적으로 생각했는지에 대해서도 좀 더 알아보시는게 좋을 것 같습니다. 저널 에디터에게 문의하기 이전에 통계 전문가에게 해당 사항에 대해 문의해보시는 것도 방법입니다. 선생님께서 이용하려 계획중인 소프트웨어에 대한 품질 및 신뢰도에 대해 통계 전문가가 평가해줄 수 있을거라 생각됩니다.