질문자님의 연구는 A 기관의 자원을 이용하여 수행되었기 때문에 연구에 주요한 공헌을 한 A 기관을 저자 소속기관으로 넣으셔야 합니다. 또한, 논문의 재료 및 방법(Materials and Methods) 섹션에 A 기관을 언급하셔야 합니다.
하지만 질문자님이 현재 A 기관을 떠난 상태이므로 교신 주소 기재 부분에 현재 소속 기관인 B 기관을 추가로 넣으셔야 합니다. 이에 더하여 B 기관으로 옮기신 후에도 논문 작성을 계속하셨다면 논문 사사(acknowledgments) 부분에 B 기관에 대한 언급을 몇 줄 넣으시는 것도 고려해보실 수 있습니다.