SCI에는 저널이 등재되며 저널의 각 호와는 무관합니다. 저널이 SCI에 등재되었다면 해당 저널의 모든 호가 자동으로 이에 속하게 됩니다. 또, 특집호는 더욱 중요한 주제에 초점을 맞추는 호입니다. 그렇기에 저널에서 특집호를 분리해 생각할 이유가 없습니다. 그러니 걱정하지 않으셔도 됩니다. 저널이 2016년에도 SCI 데이터베이스에 등재되어 있으면 질문자님의 논문도 역시 마찬가지입니다. 질문자님의 논문이 적절한 키워드를 가지고 있으며, 저널 특집호 키워드와 맞아떨어진다면, 출판된 논문을 온라인 검색으로 쉽게 찾을 수 있을 것입니다.
하지만 걱정이되신다면 편집자에게 문의해도 괜찮을 것 같습니다. 아마 이 질문을 편집자가 기분 나빠하지도 않을 것 같습니다. 그래도 이메일을 쓸 때 간결하게 요점 위주로 작성하고, 불필요한 질문은 가능한 한 피하는 것이 좋습니다.