많은 저널이 예를 들면 속보(short communications)나 에디터에게 보내는 편지(letters to the editor)와 같은 특정 논문 유형에 피어 리뷰 과정을 적용하지 않습니다. 이러한 논문은 대개 에디터의 평가와 결정에 따라 게재됩니다.
하지만 원저 연구 논문(original research articles)이나 리뷰 논문(review articles), 견해(opinion/perspective pieces) 및 그 외 분량이 긴 논문 유형은 피어 리뷰를 받는 것이 이상적이며 편집부 결정도 리뷰어 권고를 기반으로 해야 합니다. 이는 에디터 측의 편견을 피하고 원고를 객관적으로 평가하기 위해서입니다.
그렇다 해도 최종 결정은 에디터 몫이며 리뷰어 권고에 확신이 서지 않는다면 에디터는 이에 반하는 결정을 내릴 수 있습니다. 이 같은 경우 일반적으로 에디터는 2차 피어 리뷰를 진행하거나 편집위원회 의견을 수렴합니다.
그러나 에디터가 리뷰어에게 게재 권고를 지시하는 것은 비윤리적입니다. 사실 에디터가 원고에 대한 리뷰어 의견에 어떠한 방향으로든 영향을 미치려고 하는 것이 비윤리적입니다. 이는 피어 리뷰의 참 목적에 어긋나는 것입니다.
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