이러한 경우는 매우 드문 상황이네요. 리뷰어가 논문에 사용된 방법을 분명히 이해하지 못하고 잘못 해석한 것이 아닌가 싶습니다. 또 다른 가능성은, 리뷰어가 같은 시기에 비슷한 주제의 다른 논문을 리뷰하고 있었는데 실수로 그 논문에 해당하는 코멘트를 잘못 포함한 것일 수도 있습니다.
이 방법은 질문자님의 논문에서 사용된 방법이 아니라고 리뷰어 코멘트에 대한 답변서에 기재하셨으면 좋았을 것 같습니다. 이미 답변서를 제출하셨으므로 이 부분은 어쩔 수 없어 보입니다. 하지만 나중에라도 저널과 교신 중에 이러한 문제가 제기되면 이 점을 명백히 밝히는 것이 좋을 것 같습니다.